Upphæðin á skattstofni segir kerfinu til um hvar staðsetja eigi upphafspunkt launa við útreikning á staðgreiðslu og koma þannig í veg fyrir að notandi fái kröfu frá skattinum um vangoldnar skattgreiðslur. Kerfið bætir þannig við útborgunarupphæð í kerfinu ofan á fyrri skilgreindan skattstofn og reiknar þannig út staðgreiðslu.
Ef starfsmaður er með laun annars staðar og þarf t.d. að greiða sér laun í 3. skattþrepi í Payday þá er upphæðin sem hann fær annars staðar frá sett inn undir skattstofn. Skattstofn eru heildarlaun að frádregnu framlagi launþega í lífeyrissjóð.
Skattstofn er stilltur undir Stillingar > Starfsmenn > Laun.